合肥市第四十六中学于1946年创建，前身为合肥市万慈小学，1975年更名为合肥市第四十六中学。为了加快合肥现代化滨湖大城市建设，合理调整教育资源布局，推进合肥市教育均衡发展，充分发挥该校办学优势，扩大优质教育资源的社会效益，更好地满足人民群众“好上学，上好学”的需求，根据市委、市政府的决定，2007年9月，该校与合肥师范附校初中部合并，整建制迁入滨湖新区，隶属包河区教育局，成为合肥市第一所公办全日制寄宿制初中。
合肥市第四十六中学外形别具一格的教学实验楼与教师办公楼构成和谐的统一体，其南面是一个总面积为2000多㎡的操场和标准篮球场，并铺设了人工草坪，通过校园改造增加了有效的活动空间3200㎡。教学实验楼有地下自行车停车场1300多㎡，可停放全校师生自行车;一楼大厅1300多㎡，可供全校师生集会及上室内体育课;二楼平台600多㎡，不但可供学生课间活动，也可用来上体育课。按照义务教育达标要求，为加强素质教育，培养国家需要的合格人才，学校多方筹集资金，逐步配齐各种教学设施，现有物理实验室两个、化学、生物实验室各一个;两个微机室、两个多媒体室，还配有多媒体学术报告厅、语音室、科技活动室、图书室、师生阅览室、音乐室、美术室、乒乓球馆等，各器室均投入正常使用。
2006年省青少年信息学竞赛中，以学校学生为主组建的合肥市代表队取得了历史性的突破，荣获初中组团体第一名，且省第一2004至2005年学校先后顺利通过区、市级特色学校验收，荣获首批“合肥市特色初中”称号。学校被评为合肥市科普示范学校，合肥市实验性、示范性校本教研基地，合肥市甲级管理学校，省体育传统项目学校等。
2007年7月始，根据市委、市政府决定，合肥46中与合师附校初中部合并，整建制迁入滨湖新区，校名仍为“合肥市第四十六中学”，隶属于包河区教育局，成为合肥市第一所公办全日制寄宿制初级中学。学校先后被评为安徽省体育传统项目学校、合肥市特色初中、合肥市科普示范学校、合肥市文明单位、合肥市甲级管理学校、综合治理模范单位、绿化先进单位、双拥模范单位和创建国家卫生城市先进单位等。强强联手办新校，励精图治铸辉煌。新的合肥46中将充分发挥名牌学校和公办寄宿制学校两大优势，按照设施一流、设备一流、师资一流、管理一流、服务一流、质量一流的标准，高起点、高品位地建设成独具魅力的滨湖新校;我们将开好局，起好步，三年显成效，五年铸辉煌，努力成为全国知名、全省一流的名牌特色初中，以扩大优质教育资源的社会效益，更好地满足人民群众“好上学、上好学”的需求，为合肥市教育均衡发展、合肥市现代化滨湖大城市建设做出贡献。
合肥市第四十六中学海恒分校有32个教学班，在校学生1500余人;有107名教职员工，其中高级教师19人，省骨干教师1人，市拔尖人才1人，市学科带头人3人，市骨干教师人7，区骨干教师、学科带头人17人。
合肥市第四十六中学南校区位于合肥市包河区滨湖新区西藏路与武汉路交口。于2020年秋季学期投入使用。有68个教室容纳3400名学生，有58个教学班，在校学生2783人。现有教职工144人，35周岁以下117人，占81%。硕士研究生30人，高级教师29人，其中国家级教学评比课获奖者5人，安徽省五一劳动奖章获得者1人，安徽省优质课评比一等奖获得者5人，合肥市政府津贴获得者1人，市级名师工作室主持人1人，区级名师工作室主持人4人，市级学科带头人及骨干教师13人。
先后获得中国学校文化发展共同体联盟校、全国校园文化系列活动优秀示范单位、全国零犯罪学校、全国青少年校园足球示范校、第二届全国普法教育活动优秀奖、全国国防教育特色学校、全国语文教师专业化发展工程基地校、安徽省首批标准化建设学校、安徽省体育传统项目学校、安徽省英语骨干教师国培计划实践基地、合肥市美丽校园项目库学校、合肥市素质教育示范校、合肥市百姓身边的好学校等荣誉。
